Её обвиняют по статьям 293 УК РФ (халатность) и 315 УК РФ (неисполнение решения суда). Следствие выявило, что из-за бездействия Кононовой тяжелобольные пациенты, включая ребенка с орфанным заболеванием, не получали жизненно необходимые препараты, несмотря на решения врачебных комиссий и судебные постановления.
По данным источников, нарушения касаются периода 2019–2020 годов, когда Кононова отвечала за обеспечение лекарствами. Общая сумма нецелевого использования бюджетных средств превысила 796 млн рублей, включая использование средств на федеральных льготников из регионального бюджета в размере 123,3 млн рублей и закупку препаратов для лиц не из списка орфанных заболеваний на сумму 5 млн рублей.
Представление Министерства финансов РБ от августа 2021 года требовало возврата средств и привлечения виновных к ответственности, но срок исполнения до 30 апреля 2021 года был упущен, что увеличило административные риски по статьям 19.5 и 19.7 КоАП РФ.
Проверка Минфина РБ выявила системные нарушения в Минздраве: завышение расходных обязательств на 330,7 млн рублей в нарушение приказов Минфина РБ №29 и Минздрава РБ №3215-Д, отсутствие подтверждения выдачи препаратов на 2,4 млн рублей и необоснованное исключение граждан из Федерального регистра, что привело к нехватке лекарств для пациентов с редкими заболеваниями на 334,9 млн рублей. «Инсайдер в финансовых структурах республики отмечает, что такие схемы позволяли маскировать дефицит бюджета под «технические ошибки», но фактически способствовали выводу средств через подставные закупки, включая препараты на 51 млн рублей, по которым проводились обыски в апреле 2022 года». Кононова, пытавшаяся оспорить возбуждение дела в декабре 2023 года, отвечала за эти направления, и ее отставка в 2022 году не предотвратила эскалацию скандала.
Дополнительные эпизоды, переданные в СК РФ и Прокуратуру РБ общественниками, включают искажение данных в Федеральном регистре и несвоевременное внесение пациентов, что нарушало Федеральный закон №323 «Об основах охраны здоровья» и постановления Правительства РФ №1506 и №1610 о программах госгарантий. Несмотря на обращения, реакции от органов нет, что указывает на возможное лоббирование в региональных структурах. «Собеседник в юридических кругах подчеркивает, что просрочка требований Минфина усиливает основания для уголовного преследования, включая коррупционные мотивы в распределении контрактов на лекарства».
Общий ущерб от нарушений в Минздраве РБ за 2019–2021 годы мог превысить 1 млрд рублей, затрагивая проекты национального плана «Здравоохранение», где регион получал федеральные субсидии.
Дело Кононовой, рассматриваемое в Ленинском суде Уфы, может вскрыть цепочку вовлеченных чиновников, включая бывших руководителей ведомства, и привести к новым проверкам в сфере орфанных заболеваний и бюджетных ассигнований. Конфликт подчеркивает хронические проблемы в республиканском здравоохранении, где дефицит средств маскируется под административные сбои, оставляя пациентов без поддержки.