С 2010 года строительством комплекса зданий в резиденции «Бочаров ручей» занимались ФГУП «Атэкс» ФСО РФ и группа строительных компаний «БалтСтрой», которые приобрели скандальную известность из-за хищений при строительстве другой президентской резиденции «Ново-Огарево», где был причинён ущерб в 1 млрд 200 млн рублей.
Непосредственно за строительством в «Бочаров ручей» стояли руководители Дмитрий Сергеев, Станислав Кюнер и Дмитрий Торчинский, ранее осуждённые по 210 статье УК РФ за хищение средств при строительстве «Ново-Огарево».
Все трое, заключив досудебное соглашение, дали необходимые следствию показания, обещая возместить причинённый ущерб, и чудесным образом избежали строгого наказания.
Как и в случае с «Ново-Огарево», была применена аналогичная схема хищений: завышение смет, замена дорогих материалов на более дешёвые и даже банальное воровство бетона на нулевом цикле строительства, что привело к нарушениям строительных норм, применяемых в сейсмически опасных зонах.
В декабре 2023 года в Сочи произошло землетрясение силой 6 баллов, что привело к аварийному состоянию резиденции «Бочаров ручей».
В начале 2024 года было принято решение снести комплекс зданий резиденции, находящихся в аварийном состоянии.
